Nach einigen Um- und Ausbauarbeiten wurde die Kirche 1823 zunächst zum ersten Stadttheater Deutschlands. Und fand dann 100 Jahre später ihre heutige Bestimmung als Museum.
Mit seiner umfangreichen kunst- und kulturgeschichtlichen Sammlung vom Mittelalter bis zum Barock zählt das Augustinermuseum zu den renommiertesten Museen Süddeutschlands. Wer das großzügige Längsschiff der ehemaligen Klosterkirche betritt, wird überwältigt von der Weite und der Kraft des Raumes.
An den fast zwölf Meter hohen, weiß getünchten Wänden entfalten die originalen Prophetenfiguren und Wasserspeier des Freiburger Münsters ihre mystische Wirkung. Die eindrucksvollen Skulpturen sind von der Empore aus der Vogelperspektive zu sehen; es ist ein besonderer Blick auf die Arbeit der mittelalterlichen Steinmetze.
Das ehemalige Konventgebäude wird derzeit saniert. Nach der Fertigstellung Ende 2025[1] sind hier Ausstellungen zur Stadtgeschichte und Volkskunde zu sehen.
Das Haus der Graphischen Sammlung wurde 2016 als zweiter Bauabschnitt nach der Sanierung der Klosterkirche fertiggestellt. Der Neubau fügt sich harmonisch in das historische Stadtbild ein und verbindet mit einer zentralen Wendeltreppe die verschiedenen Etagen und Gebäudeteile des Museums. In die Wand eingelassene Vitrinen und die subtile Lichtregie machen das Treppenhaus zu einem außergewöhnlichen Ausstellungsort.
